在具體操作層面，非法證據(jù)排除可以在刑事訴訟過程中的三個階段進行：

1、檢察階段。這一階段又分為批捕和審查***兩個環(huán)節(jié)。在批捕環(huán)節(jié)，檢察機關發(fā)現(xiàn)偵查機關所取證據(jù)存在違法行為的，可以責令其予以糾正，并不得將非法證據(jù)作為批準逮捕的依據(jù)，乃至作出不予批準逮捕的決定。在審查***環(huán)節(jié)發(fā)現(xiàn)非法證據(jù)的，除了責令偵查機關予以糾正外，還可以主動將非法證據(jù)予以排除，使之在案件移送至法院之前就被清理掉?？梢姡@一階段主要是檢察機關依職權主動進行的。

2、庭前會議階段。根據(jù)最高人民法院發(fā)布的《人民法院**刑事案件庭前會議規(guī)程(試行)》規(guī)定，適用普通程序審理的刑事案件，法院可以決定在開庭審理前召開庭前會議。庭前會議中，被告人及其辯護人可以申請排除非法證據(jù)，但應提供相關的線索和材料，檢察機關應當就證據(jù)的合法性作出說明。如果雙方達成一致意見，則可以排除非法證據(jù);如果未能達成一致意見，則該爭議問題就會進入庭審階段展開法庭調查。

3、庭審階段。庭前會議的目的，是為了將有關程序性事項在庭審前就進行解決，以便庭審時能夠集中精力審理案件的實體方面。對排除非法證據(jù)存在爭議的，應當在庭審中進行解決。但根據(jù)庭前會議規(guī)程規(guī)定，公訴人提供的證據(jù)材料確實、充分，能夠排除非法取證情形，且沒有新的線索或者材料表明可能存在非法取證的，庭審調查舉證、質證可以簡化。

此外，如果被告人及其辯護人在庭前會議階段未提出申請排除非法證據(jù)，如果有新的證據(jù)證實可能存在非法證據(jù)情形的，也可以在庭審階段提出。否則，庭前會議階段未提出的，庭審時應不得再提出。

不管是什么樣的訴訟最重要的環(huán)節(jié)就是證據(jù)的質證，而在刑事訴訟當中對于從非法的渠道來獲得的證據(jù)是絕對不能夠作為證據(jù)使用的，需要依法進行排除，而非法證據(jù)排除的階段，主要有三個，一個是檢查階段，另外就是庭前會議和庭審階段。